Генпрокуратура России выявила грубые нарушения в деятельности ГУП "Московский метрополитен" и поставила вопрос об увольнении с должности руководителя предприятия Дмитрия Гаеву.
По данным главного надзорного ведомства, руководство предприятия необоснованно завышало тарифы на перевозку пассажиров.
Кроме того, предприятие необоснованно устанавливает дополнительные требования к участникам торгов, приводящие к ограничению конкуренции и сокращению количества потенциальных участников. В 2008-2009 гг. на оплату услуг по инкассации без конкурса было израсходовано 300 млн. руб., по страхованию — 70 млн. руб.
Предприятие до сих пор  не оформило право хозяйственного ведения на 71 станцию и 198 перегонов между станциями метрополитена. 34 земельных участка, предоставленных департаментом земельных ресурсов г. Москвы в аренду предприятию, на кадастровый учет не поставлены, договоры аренды не зарегистрированы.
«Московский метрополитен» осуществляет использование станций метрополитена, являющихся объектами культурного наследия, в отсутствие охранного обязательства.
Выявлены нарушения при обеспечении безопасности движения поездов и обслуживании пассажиров, создающие угрозу жизни и здоровью граждан. За последние 2 года рост травматизма составил более 12%. Если в 2008 г. было травмировано 1742 пассажира,  то за 11 месяцев 2010 г. цифра выросла до 2075. В текущем году в 2,5 раза возросло количество нарушений по причине сна машинистов на рабочем месте.
Предприятие не прошло процедуру обязательной перерегистрации эксплуатируемых 82 опасных производственных объектов.

В ходе проверки установлены обстоятельства, которые свидетельствует о ненадлежащем исполнении руководством предприятия должностных полномочий, а в ряде случаев и об их личной заинтересованности. Так, руководитель ГУП «Московский метрополитен» Дмитрий Гаев при исполнении своих обязанностей действовал недобросовестно, ущемляя интересы унитарного предприятия, в том числе в целях личного обогащения. Он создал систему, при которой различного рода технические разработки, поставленные и внедренные за счет средств ГУП, оформлялись как его личное изобретение, либо коммерческой структуры, выполнявшей работы по контракту с метрополитеном, в ущерб интересам возглавляемого предприятия.
Используя полученные за счет средств госпредприятия результаты, он стал патентообладателем и начиная с 1999 г. получил 112 млн. руб. от возглавляемого им ГУПа (12 млн. руб. первоначально и по 10 млн. руб. ежегодно).
В ходе проверки выявлены и другие нарушения, свидетельствующие о наличии корыстного интереса Дмитрия Гаева и других руководителей ГУП «Московский метрополитен».
В связи с этим Генпрокуратура РФ направила информацию в адрес мэра Москвы Сергея Собянина, в которой поставила вопрос об устранении выявленных нарушений, защите государственных интересов, а также об увольнении Дмитрия Гаева с должности руководителя ГУП «Московский метрополитен» и взыскании убытков, причиненных предприятию.