Счетная палата нашла многочисленные нарушения в деятельности  Росохранкультуры. В сообщении ведомства в частности отмечается, что до настоящего времени Росохранкультурой не утвержден ни один административный регламент по исполнению своих государственных функций. Численность руководства составляет 30 % в общей штатной численности центрального аппарата Росохранкультуры, а штатная численность территориальных органов  укомплектована на 75 %.
Как отмечается в материалах,  в перечень объектов культурного наследия федерального значения, полномочия по государственной охране которых осуществляются Росохранкультурой, вошли 238 объектов культурного наследия  из более чем 23 тысяч недвижимых памятников,  или 1 % от всех памятников федерального значения. При этом в данном перечне отсутствуют объекты, включенные в Список всемирного наследия ЮНЕСКО и бóльшая часть объектов, включенных в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.
С момента издания указанного распоряжения Росохранкультура фактически самоустранилась от государственной охраны объектов культурного наследия федерального значения, не входящих в этот перечень. При этом на обеспечение передаваемых субъектам полномочий РФ в области сохранения, использования, популяризации и государственной охраны объектов культурного наследия федерального значения субвенции предусматриваются только в федеральном бюджете на 2010 год. Росохранкультурой возможность внесения дополнений в перечень связывается с решением вопроса об увеличении штатной численности и выделением необходимых средств для выполнения дополнительно возлагаемого на нее объема работ.
Проведенный анализ показал, что выполнение государственных задач по сохранению объектов культурного наследия, а также контроль за их состоянием разделены между Минкультуры России и Росохранкультурой, что значительно замедляет процесс их выполнения, отмечается в материалах.
Одной из государственных функций, возложенных на Росохранкультуру, является функция по ведению единого государственного реестра объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) народов РФ. Однако на протяжении ряда лет и до настоящего времени формирование и ведение базы данных единого государственного реестра объектов культурного наследия осуществляется Минкультуры России (ранее Роскультурой). Кроме того, Минкультуры России (Роскультура) ежегодно осуществляет мониторинг состояния сохранности и использования объектов культурного наследия, а также их техническую паспортизацию, которые используются для актуализации базы данных. Участие Росохранкультуры в указанных мероприятиях никак не обозначено.
Росохранкультура не обеспечивает должное соблюдение требований Положения о лицензировании деятельности по реставрации объектов культурного наследия (памятников истории и культуры). Лицензии на осуществление деятельности по реставрации объектов культурного наследия выдаются организациям и учреждениям, не имеющим необходимых специалистов, удовлетворяющих соответствующим квалификационным требованиям; полноценные сведения о соблюдении лицензиатами требований действующего законодательства в области охраны объектов культурного наследия отсутствуют. Доля отказов в предоставлении лицензии составляет около 1 % от общего количества поданных заявок, в то время как не менее 60 % лицензиатов в той или иной форме не соответствуют требованиям действующего законодательства в области лицензирования деятельности по реставрации объектов культурного наследия.
Анализ деятельности территориальных управлений Росохранкультуры показал, что основная работа управлений сосредоточена на выдаче разрешительных документов на право ввоза и вывоза культурных ценностей. При этом на период проведения проверки не имелось нормативных правовых документов, устанавливающих порядок работы с экспертами, определяющих унифицированные формы экспертных заключений, приемы и методики оценки культурных ценностей, как по срокам создания, так и по их рыночной стоимости.